SRR = [ \'SRR11111111\', \'SRR22222222\', \'SRR33333333\', \'SRR44444444\', \'SRR5555555\', \'SRR66666666\', ...

SRRs = [
      "SRR11111111",
      "SRR22222222",
      "SRR33333333",
      "SRR44444444",
      "SRR55555555",
      "SRR66666666",
      "SRR77777777"
      ]


rule all:
  input:
    expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_1.fastq.gz", srr=SRRs),
    expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_2.fastq.gz", srr=SRRs),
    expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_3.fastq.gz", srr=SRRs),
    expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_4.fastq.gz", srr=SRRs)

rule fastq_dump:
  output:        
    "../atac_seq/{n}/{n}_1.fastq.gz",
    "../atac_seq/{n}/{n}_2.fastq.gz",
    "../atac_seq/{n}/{n}_3.fastq.gz",
    "../atac_seq/{n}/{n}_4.fastq.gz"
  shell:
    """
    fastq-dump --split-files --gzip {wildcards.n}.sra 
    """

大家好，目前目录 /atac_seq/{srr}/ 中只有一个 .sra 文件。我想使用 fastqdump 和 snakemake 扩展 .sra 文件，但出现错误：“fastq-dump.3.1.1 错误：在虚拟数据库模块中构建时未找到项目 - 路径“SRRXXXXX.sra”无法作为数据库或表打开”。

我尝试在各个文件夹中的 bash 中使用 fastq-dump，并且它可以工作，但我不确定为什么我的脚本不起作用。

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