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fastq-dump.3.1.1 错误:在虚拟数据库模块中构建时未找到项目 - 路径“SRRXXXXX.sra”无法作为数据库或表打开

Craftbeergal 2月前

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SRR = [ \'SRR11111111\', \'SRR22222222\', \'SRR33333333\', \'SRR44444444\', \'SRR5555555\', \'SRR66666666\', ...

SRRs = [
      "SRR11111111",
      "SRR22222222",
      "SRR33333333",
      "SRR44444444",
      "SRR55555555",
      "SRR66666666",
      "SRR77777777"
      ]


rule all:
  input:
    expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_1.fastq.gz", srr=SRRs),
    expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_2.fastq.gz", srr=SRRs),
    expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_3.fastq.gz", srr=SRRs),
    expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_4.fastq.gz", srr=SRRs)

rule fastq_dump:
  output:        
    "../atac_seq/{n}/{n}_1.fastq.gz",
    "../atac_seq/{n}/{n}_2.fastq.gz",
    "../atac_seq/{n}/{n}_3.fastq.gz",
    "../atac_seq/{n}/{n}_4.fastq.gz"
  shell:
    """
    fastq-dump --split-files --gzip {wildcards.n}.sra 
    """

大家好,目前目录 /atac_seq/{srr}/ 中只有一个 .sra 文件。我想使用 fastqdump 和 snakemake 扩展 .sra 文件,但出现错误:“fastq-dump.3.1.1 错误:在虚拟数据库模块中构建时未找到项目 - 路径“SRRXXXXX.sra”无法作为数据库或表打开”。

我尝试在各个文件夹中的 bash 中使用 fastq-dump,并且它可以工作,但我不确定为什么我的脚本不起作用。

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  • 在我的其中一个项目中,我正在 ubuntu Wsl2 上运行剧作家测试,因为该项目最初是为 unix 系统设置的,如果不进行任何更改,我就无法在 Windows 上运行剧作家测试……

    在我的一个项目中,我正在 ubuntu Wsl2 上运行剧作家测试,因为该项目最初是为 unix 系统设置的,如果不更改项目的所有脚本,我就无法在 Windows 上运行剧作家测试。

    当我尝试使用 playwright 运行特定测试时,测试启动,它只能访问 URL localhost:3000,但浏览器不会呈现任何内容,测试失败。浏览器在 Windows 中。当我尝试运行项目时,一切都运行正常,这意味着一切都按预期呈现。

    我尝试将主机的 ip 地址导出为 DISPLAY 变量和 xserver。不起作用。我尝试在 windows 上打开 vscode 并打开 ubuntu wsl2 终端,但它不起作用。尝试了 127.0.0.1:3000、127.0.1.1:3000、localhost:3000,但不起作用。

    nvm 0.39.3、npm 10.2.3、wsl2、ubuntu 22.04.4 wsl2、Windows 11。

    我运行 npx playwright test name-of-file.test.ts 并且它开始运行。它转到 await await page.goto('http://localhost:3000'); 但是当它尝试访问网站/浏览器的任何组件时,它没有响应,因为浏览器打开时是空的,一片空白。

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