SRR = [ \'SRR11111111\', \'SRR22222222\', \'SRR33333333\', \'SRR44444444\', \'SRR5555555\', \'SRR66666666\', ...
SRRs = [
"SRR11111111",
"SRR22222222",
"SRR33333333",
"SRR44444444",
"SRR55555555",
"SRR66666666",
"SRR77777777"
]
rule all:
input:
expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_1.fastq.gz", srr=SRRs),
expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_2.fastq.gz", srr=SRRs),
expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_3.fastq.gz", srr=SRRs),
expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_4.fastq.gz", srr=SRRs)
rule fastq_dump:
output:
"../atac_seq/{n}/{n}_1.fastq.gz",
"../atac_seq/{n}/{n}_2.fastq.gz",
"../atac_seq/{n}/{n}_3.fastq.gz",
"../atac_seq/{n}/{n}_4.fastq.gz"
shell:
"""
fastq-dump --split-files --gzip {wildcards.n}.sra
"""
大家好，目前目录 /atac_seq/{srr}/ 中只有一个 .sra 文件。我想使用 fastqdump 和 snakemake 扩展 .sra 文件，但出现错误：“fastq-dump.3.1.1 错误：在虚拟数据库模块中构建时未找到项目 - 路径“SRRXXXXX.sra”无法作为数据库或表打开”。
我尝试在各个文件夹中的 bash 中使用 fastq-dump，并且它可以工作，但我不确定为什么我的脚本不起作用。
在我的其中一个项目中，我正在 ubuntu Wsl2 上运行剧作家测试，因为该项目最初是为 unix 系统设置的，如果不进行任何更改，我就无法在 Windows 上运行剧作家测试……
在我的一个项目中，我正在 ubuntu Wsl2 上运行剧作家测试，因为该项目最初是为 unix 系统设置的，如果不更改项目的所有脚本，我就无法在 Windows 上运行剧作家测试。
当我尝试使用 playwright 运行特定测试时，测试启动，它只能访问 URL localhost:3000，但浏览器不会呈现任何内容，测试失败。浏览器在 Windows 中。当我尝试运行项目时，一切都运行正常，这意味着一切都按预期呈现。
我尝试将主机的 ip 地址导出为 DISPLAY 变量和 xserver。不起作用。我尝试在 windows 上打开 vscode 并打开 ubuntu wsl2 终端，但它不起作用。尝试了 127.0.0.1:3000、127.0.1.1:3000、localhost:3000，但不起作用。
nvm 0.39.3、npm 10.2.3、wsl2、ubuntu 22.04.4 wsl2、Windows 11。
我运行 npx playwright test name-of-file.test.ts 并且它开始运行。它转到 await await page.goto('http://localhost:3000'); 但是当它尝试访问网站/浏览器的任何组件时，它没有响应，因为浏览器打开时是空的，一片空白。