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fastq-dump.3.1.1 错误:在虚拟数据库模块中构建时未找到项目 - 路径“SRRXXXXX.sra”无法作为数据库或表打开

Craftbeergal 2月前

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SRR = [ \'SRR11111111\', \'SRR22222222\', \'SRR33333333\', \'SRR44444444\', \'SRR5555555\', \'SRR66666666\', ...

SRRs = [
      "SRR11111111",
      "SRR22222222",
      "SRR33333333",
      "SRR44444444",
      "SRR55555555",
      "SRR66666666",
      "SRR77777777"
      ]


rule all:
  input:
    expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_1.fastq.gz", srr=SRRs),
    expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_2.fastq.gz", srr=SRRs),
    expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_3.fastq.gz", srr=SRRs),
    expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_4.fastq.gz", srr=SRRs)

rule fastq_dump:
  output:        
    "../atac_seq/{n}/{n}_1.fastq.gz",
    "../atac_seq/{n}/{n}_2.fastq.gz",
    "../atac_seq/{n}/{n}_3.fastq.gz",
    "../atac_seq/{n}/{n}_4.fastq.gz"
  shell:
    """
    fastq-dump --split-files --gzip {wildcards.n}.sra 
    """

大家好,目前目录 /atac_seq/{srr}/ 中只有一个 .sra 文件。我想使用 fastqdump 和 snakemake 扩展 .sra 文件,但出现错误:“fastq-dump.3.1.1 错误:在虚拟数据库模块中构建时未找到项目 - 路径“SRRXXXXX.sra”无法作为数据库或表打开”。

我尝试在各个文件夹中的 bash 中使用 fastq-dump,并且它可以工作,但我不确定为什么我的脚本不起作用。

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  • 我正在使用 ubuntu 22.04.4 LTS、bitbake 2.8.0、poky scarthgap 分支和 beaglebone black。我创建了自己的层和自己的 helloworld 配方,其中包含 helloworld.c。我想执行...

    我正在使用 ubuntu 22.04.4 LTS、bitbake 2.8.0、poky scarthgap 分支和 beaglebone black。我创建了自己的层和自己的 helloworld 配方,其中包含 helloworld.c。我想在 beaglebone black 中执行它。当我尝试执行“bitbake helloworld”时,我收到错误 arm-poky-linux-gnueabi-gcc:未找到。

    我是否必须安装 arm-poky-linux-gnueabi-gcc 或者我是否缺少其他东西?

    这是 helloworld.bb 文件:

    DESCRIPTION = "Hello World application"
    
    SECTION = "examples"
    LICENSE = "MIT"
    LIC_FILES_CHKSUM = "file://${COMMON_LICENSE_DIR}/MIT;md5=0835ade698e0bcf8506ecda2f7b4f302"
    
    
    SRC_URI = "file://helloworld.c"
    
    S = "${WORKDIR}"
    
    do_compile() {
        ${CC} ${CFLAGS} ${LDFLAGS} helloworld.c -o helloworld
    }
    
    do_install() {
        install -d ${D}${bindir}
        install -m 0755 helloworld ${D}${bindir}
    }
    
    # Disable default dependency checks (including SHA256)
    INHIBIT_DEFAULT_DEPS = "1"
    

    我尝试找到该包并安装它,但找不到明确的解决方案。

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