SRR = [ \'SRR11111111\', \'SRR22222222\', \'SRR33333333\', \'SRR44444444\', \'SRR5555555\', \'SRR66666666\', ...
SRRs = [
"SRR11111111",
"SRR22222222",
"SRR33333333",
"SRR44444444",
"SRR55555555",
"SRR66666666",
"SRR77777777"
]
rule all:
input:
expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_1.fastq.gz", srr=SRRs),
expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_2.fastq.gz", srr=SRRs),
expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_3.fastq.gz", srr=SRRs),
expand("../atac_seq/{srr}/{srr}_4.fastq.gz", srr=SRRs)
rule fastq_dump:
output:
"../atac_seq/{n}/{n}_1.fastq.gz",
"../atac_seq/{n}/{n}_2.fastq.gz",
"../atac_seq/{n}/{n}_3.fastq.gz",
"../atac_seq/{n}/{n}_4.fastq.gz"
shell:
"""
fastq-dump --split-files --gzip {wildcards.n}.sra
"""
大家好，目前目录 /atac_seq/{srr}/ 中只有一个 .sra 文件。我想使用 fastqdump 和 snakemake 扩展 .sra 文件，但出现错误：“fastq-dump.3.1.1 错误：在虚拟数据库模块中构建时未找到项目 - 路径“SRRXXXXX.sra”无法作为数据库或表打开”。
我尝试在各个文件夹中的 bash 中使用 fastq-dump，并且它可以工作，但我不确定为什么我的脚本不起作用。
我正在使用 ubuntu 22.04.4 LTS、bitbake 2.8.0、poky scarthgap 分支和 beaglebone black。我创建了自己的层和自己的 helloworld 配方，其中包含 helloworld.c。我想执行...
我正在使用 ubuntu 22.04.4 LTS、bitbake 2.8.0、poky scarthgap 分支和 beaglebone black。我创建了自己的层和自己的 helloworld 配方，其中包含 helloworld.c。我想在 beaglebone black 中执行它。当我尝试执行“bitbake helloworld”时，我收到错误 arm-poky-linux-gnueabi-gcc：未找到。
我是否必须安装 arm-poky-linux-gnueabi-gcc 或者我是否缺少其他东西？
这是 helloworld.bb 文件：
DESCRIPTION = "Hello World application"
SECTION = "examples"
LICENSE = "MIT"
LIC_FILES_CHKSUM = "file://${COMMON_LICENSE_DIR}/MIT;md5=0835ade698e0bcf8506ecda2f7b4f302"
SRC_URI = "file://helloworld.c"
S = "${WORKDIR}"
do_compile() {
${CC} ${CFLAGS} ${LDFLAGS} helloworld.c -o helloworld
}
do_install() {
install -d ${D}${bindir}
install -m 0755 helloworld ${D}${bindir}
}
# Disable default dependency checks (including SHA256)
INHIBIT_DEFAULT_DEPS = "1"
我尝试找到该包并安装它，但找不到明确的解决方案。