使用已编译的二进制文件

当您使用 Ubuntu 时，另一种方法是使用 r2u 。 这有几个优点，如文档中所述：

• Full integration with apt ，因为每个二进制文件都会解析 所有 依赖项：不再需要安装（预建档案）才发现缺少共享库。不再有意外。
• Full integration with apt 这样系统库的更新就不会破坏 R 包：如果 CRAN 使用（共享）库，包管理器就会知道，并且不会将其删除。（系统）库更新不会再破坏（R 包）。
• 比一些替代方案 更简单、更轻便， 运行时 库包作为依赖项安装（而不是通常更重的 开发 包）。
• 由于包管理层的存在， 安装变得快速、自动化和可逆

实际上，这意味着您不需要费心完成所有 apt install libssl-dev 步骤，因为您可以从 docker 镜像开始 r2u ，然后添加所需的任何包。这意味着您的 Dockerfile 操作会简单得多，而且您不会发现自己缺少重要的系统库。

怎么运行的

这可以通过三个文件完成：

1. Dockerfile .
2. install.r .
3. pkgs_to_install.txt

Dockerfile

这看起来像：

FROM eddelbuettel/r2u:noble
WORKDIR /r
COPY install.r .
COPY pkgs_to_install.txt .
ENV TZ=Europe/London
RUN ln -snf /usr/share/zoneinfo/$TZ /etc/localtime && echo $TZ > /etc/timezone
RUN Rscript install.r

您可能希望将时区设置为您所在的地区。

pkgs_to_install.txt

列出您想要安装的软件包。对于您的情况，可能是：

dplyr
ggplot2
ggpubr
BiocManager

install.r

您可以在其中包含任何您想要定制的 R 配置文件，包括安装包：

pkgs_to_install <- readLines("./pkgs_to_install.txt")
install.packages("remotes")
remotes::install_github("REditorSupport/languageserver") # to prevent vscode warnings
Sys.setenv(R_INSTALL_STAGED = FALSE) # prevents occasional 00LOCK permissions issues
for (pkg in pkgs_to_install) {
    try(install.packages(pkg))
}

我的实际设置稍微复杂一些。我有一个额外的 R 脚本，它在最后运行，对 R 配置文件进行了一些小的更改，并将输出写入 installed.packages() csv，因此可以清楚地知道每个包的哪个版本安装在容器中。

不过，总体而言，使用此工作流程可以轻松添加任何您喜欢的功能。它还应避免某些软件包所需的各种 C++ 库所带来的依赖性噩梦。此外，由于所有软件包都是从预编译的二进制文件而不是源代码安装的，因此 构建速度要快得多 。

由于这个答案可能看起来非常热心，我或许应该补充一点，除了作为用户之外，我 r2u 与它的 docker 容器没有任何关系。