我尝试使用 Apptainer 构建一个 docker 容器。我有一长串要安装特定版本的 R 包。我需要直接从 CRAN/BioConductor 安装它，而不是从...

我尝试使用 Apptainer 构建一个 docker 容器。我有一长串要安装特定版本的 R 包。我需要直接从 CRAN/BioConductor 安装它，而不是从 conda 安装。现在，对于我尝试安装的每个包，我可能会因为缺少库而遇到障碍，然后不得不返回并使用 apt install 添加它。这成为一个迭代过程，需要很长时间。有没有一种交互式的方式来构建容器。我尝试使用 sandbox 和 fakeroot，但在安装系统库时它没有获得完整的写入功能。我还可以集成什么其他解决方案？

Bootstrap: docker
From: ubuntu:22.04
%labels
    Author author_name
    version v0.1

%post 
    export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
    
    # Update system and install requirements
    apt-get -qq update
    

    apt -y install build-essential gfortran curl cmake pkg-config zip unzip \
                   libglib2.0-0 libpango-1.0-0 libpangocairo-1.0-0 libpaper-utils \
                   libtcl8.6 libtk8.6 libxt6 lmod 
    
    apt -y install libbz2-dev libicu-dev liblzma-dev libopenblas-dev libpq-dev \
                   libpcre2-dev zlib1g-dev libssl-dev libudunits2-dev libncurses-dev libcairo2-dev \
                   libsodium-dev libmariadb-dev libcurl4-openssl-dev libssh2-1-dev libxml2-dev \
                   libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev libfontconfig1-dev \
                   libharfbuzz-dev libfribidi-dev liblapack-dev libgit2-dev libmagick++-dev 
    
    
    curl -o /tmp/libicu60_60.2-3ubuntu3.2_amd64.deb http://security.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/i/icu/libicu60_60.2-3ubuntu3.2_amd64.deb
    dpkg -i /tmp/libicu60_60.2-3ubuntu3.2_amd64.deb

  
    # Install R with all recommended 
    export R_VERSION=4.2.2
    curl -o /tmp/r-${R_VERSION}_1_amd64.deb https://cdn.rstudio.com/r/ubuntu-2204/pkgs/r-${R_VERSION}_1_amd64.deb
    dpkg -i /tmp/r-${R_VERSION}_1_amd64.deb

    ln -s /opt/R/${R_VERSION}/bin/R /usr/local/bin/R
    ln -s /opt/R/${R_VERSION}/bin/Rscript /usr/local/bin/Rscript


    # Install the R packages
    
    R -e 'install.packages("remotes", dependencies = TRUE, repos = c("https://cloud.r-project.org/", "http://rforge.net/"))'
    R -e 'remotes::install_version(package = "BiocManager", version = "1.30.22", dependencies = TRUE, repos = c("https://cloud.r-project.org/", "http://rforge.net/"), upgrade = "never")'

    R -e 'remotes::install_version(package = "dplyr", version = "1.1.4", dependencies = TRUE, repos = c("https://cloud.r-project.org/", "http://rforge.net/"), upgrade = "never")' 
    R -e 'remotes::install_version(package = "ggplot2", version = "3.5.1", dependencies = TRUE, repos = c("https://cloud.r-project.org/", "http://rforge.net/"), upgrade = "never")'  ##### downgraded to 3.4.3
    R -e 'remotes::install_version(package = "ggpubr", version = "0.6.0", dependencies = TRUE, repos = c("https://cloud.r-project.org/", "http://rforge.net/"), upgrade = "never")' 

我有一台 Ubuntu 22.04 服务器，上面运行着 docker，我正在努力让它更新。系统有 docker 源列表文件，它工作正常，因为它返回一个 HTTP

我有一台 Ubuntu 22.04 服务器，上面运行着 docker，我正在努力让它进行 apt-get 更新。系统有 docker 源列表文件，它工作正常，因为它返回 HTTP 请求。我可以对 archive.ubuntu.com 执行 wget，它返回 TCP 端口 80 连接但没有 HTTP 响应。我可以正常 ping 存档以及 google.co.uk，但我无法进一步弄清楚它为什么不工作。我知道这不是网络防火墙，因为这个子网上还有其他 ubuntu 服务器连接正常，所以唯一的区别是这台服务器是 docker。

我尝试了以下方法：

将名称服务器从 8.8.8.8 替换为 8.8.4.4 甚至 1.1.1.1，更新日期时间以确保其正确无误。将镜像替换为 https 甚至美国的镜像。关闭 docker 服务并关闭桥接接口。用许可证替换任何 IPTables 配置。

这一切让我很困惑。

任何值得尝试的想法都将受到赞赏。

@ArindamGhosh 这是个好问题 - 我还没有尝试过。我认为你会失去与包管理系统对齐的大部分好处。我认为更好的方法是从 docker 标签中选择 20.04 标签，然后你应该得到正确的包版本。但我还没有在旧版本的 R 上尝试过这种方法，所以我不太确定 - 如果你尝试一下，请提供更新，因为它可能会对正在研究这个问题的其他人有所帮助。

如上所述，这个 install.packages() 用于安装软件包的最新版本。如果我需要指定特定版本，install_version() 的性能如何？

使用已编译的二进制文件

当您使用 Ubuntu 时，另一种方法是使用 r2u 。 这有几个优点，如文档中所述：

• Full integration with apt ，因为每个二进制文件都会解析 所有 依赖项：不再需要安装（预建档案）才发现缺少共享库。不再有意外。
• Full integration with apt 这样系统库的更新就不会破坏 R 包：如果 CRAN 使用（共享）库，包管理器就会知道，并且不会将其删除。（系统）库更新不会再破坏（R 包）。
• 比一些替代方案 更简单、更轻便， 运行时 库包作为依赖项安装（而不是通常更重的 开发 包）。
• 由于包管理层的存在， 安装变得快速、自动化和可逆

实际上，这意味着您不需要费心完成所有 apt install libssl-dev 步骤，因为您可以从 docker 镜像开始 r2u ，然后添加所需的任何包。这意味着您的 Dockerfile 操作会简单得多，而且您不会发现自己缺少重要的系统库。

怎么运行的

这可以通过三个文件完成：

1. Dockerfile .
2. install.r .
3. pkgs_to_install.txt

Dockerfile

这看起来像：

FROM eddelbuettel/r2u:noble
WORKDIR /r
COPY install.r .
COPY pkgs_to_install.txt .
ENV TZ=Europe/London
RUN ln -snf /usr/share/zoneinfo/$TZ /etc/localtime && echo $TZ > /etc/timezone
RUN Rscript install.r

您可能希望将时区设置为您所在的地区。

pkgs_to_install.txt

列出您想要安装的软件包。对于您的情况，可能是：

dplyr
ggplot2
ggpubr
BiocManager

install.r

您可以在其中包含任何您想要定制的 R 配置文件，包括安装包：

pkgs_to_install <- readLines("./pkgs_to_install.txt")
install.packages("remotes")
remotes::install_github("REditorSupport/languageserver") # to prevent vscode warnings
Sys.setenv(R_INSTALL_STAGED = FALSE) # prevents occasional 00LOCK permissions issues
for (pkg in pkgs_to_install) {
    try(install.packages(pkg))
}

我的实际设置稍微复杂一些。我有一个额外的 R 脚本，它在最后运行，对 R 配置文件进行了一些小的更改，并将输出写入 installed.packages() csv，因此可以清楚地知道每个包的哪个版本安装在容器中。

不过，总体而言，使用此工作流程可以轻松添加任何您喜欢的功能。它还应避免某些软件包所需的各种 C++ 库所带来的依赖性噩梦。此外，由于所有软件包都是从预编译的二进制文件而不是源代码安装的，因此 构建速度要快得多 。

由于这个答案可能看起来非常热心，我或许应该补充一点，除了作为用户之外，我 r2u 与它的 docker 容器没有任何关系。

如果镜像正在运行，则命令与 docker exec 相同，例如 docker exec -it [镜像名称] bash。此外，如果您希望能够运行 sudo 命令，有时添加 -u root 很有用。但是，我认为这种工作流程不再是不可避免的，至少在 Ubuntu 上是这样。自从我切换到 r2u 后，我就不需要这样做了。

根据我的经验，安装 R / Py 包、发现缺少的系统包、安装系统包并再次尝试的迭代实践是不可避免的！

我同意交互式开发和测试更容易。这可以通过 docker run --rm -ti [image name] bash 从构建的镜像中获取 bash shell 接口来实现。

如果容器已经使用不同的语句运行， docker exec 那么也是可能的 CMD 。

然后，您可以使用 启动 R 控制台， $ R 然后尝试 > install.packages() 。如果它抱怨系统包， > quit() 请执行 $ apt get install ... 或任何适合您操作系统的操作。然后再试一次。

最后，将您发现的所有必要的包安装命令添加到您的 Dockerfile 中。

docker build -t my_image .
docker run --rm -ti my_image bash

谢谢 Eytan，最后最奇怪的是，Ubuntu 似乎阻止了我的 IP 连接，或者它不知何故被破坏了。我得到了一个 tcp 会话，因为我可以在 wget 中看到它，但我没有得到 http 响应。从我的 ISP 请求新的 IP 解决了这个问题。

嗨，Eytan，如果我可以上传的话，我会在早上给你截一张截图，但更新显示：0% 正在等待标题。然后大约十分钟后，它抛出错误：连接失败：

您好，您能添加一张执行 apt-get update 时发生的情况的截图吗？您添加了有用的信息，但查看 apt-get 抛出的确切错误会很有帮助。