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ubuntu 无法运行程序“javac”:错误=2,

zest16 2月前

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遇到了一个很奇怪的问题,在ubuntu上配置了java环境,但是命令行终端javac可以使用,但是一用idea就报错,java不能用。

遇到一个很奇怪的问题,我在ubuntu上配置了java环境,但是命令行终端javac可以用,但是一用idea就报错,检测不到java,错误信息:ubuntu无法运行程序'javac': error=2

一开始我用的jdk版本是···amazon-corretto-8-x64-linux-jdk···

像......wget https://corretto.aws/downloads/latest/amazon-corretto-8-x64-linux-jdk.tar.gz tar -xvf amazon-corretto-8-x64-linux-jdk.tar.gz ···

而且我为其配置了环境变量,在命令行执行 java -version 也有正确的版本输出。但是当 idea 一直报错,检测不到 java 版本时,我使用···sudo apt install openjdk-8-jdk···,将 Project Structure 改为 openjdk-8,问题解决。

谁能告诉我这是什么原因?

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  • #为 ATAC 和 RNA seq 接入号对制作 1 个 library.csvdef read_rna_accession(): with open('rna_accessions.txt') as f: samples = [sample for sample in f.read().split('\n')...

    #Make 1 library.csv for a pair of ATAC and RNA seq accession numbers
    def read_rna_accession():
        with open('rna_accessions.txt') as f:
            samples = [sample for sample in f.read().split('\n') if len(sample) > 0]  # Remove empty lines
            return samples
    
    def read_atac_accession():
        with open('atac_accessions.txt') as f:
            samples = [sample for sample in f.read().split('\n') if len(sample) > 0]  # Remove empty lines
            return samples
    
    # Read ATAC and RNA accession IDs
    atac_SRRs = read_atac_accession()
    rna_SRRs = read_rna_accession()
    
    
    # Define all rule for generating libraries.csv
    rule all:
        input:
            expand("{atac_srr}_{rna_srr}_libraries.csv", atac_srr=atac_SRRs, rna_srr=rna_SRRs)
    
    # Rule to create libraries.csv
    rule create_libraries_csv:
        output:
            "{atac_srr}_{rna_srr}_libraries.csv"
        run:
            atac_srr = wildcards.atac_srr
            rna_srr = wildcards.rna_srr
            with open(output[0], "w") as f:
                f.write("fastqs,sample,library_type\n")
                f.write(f"atac_seq/{atac_srr},{atac_srr},Chromatin Accessibility\n")
                f.write(f"rna_seq/{rna_srr},{rna_srr},Gene Expression\n")
    
    

    您好,我正在尝试为 atac_seq 和 rna_seq 编号对 {SRRXXXXXX} 创建一个 libraries.csv 文件。目前,我有 2 个 atac_seq 的 SRR 和 2 个 rna_seq 的 SRR;我想为每一对生成一个 libraries.csv 文件,因此最终应该会得到 2 个 {atac_srr}_{rna_srr}libraries.csv 文件。

    使用我拥有的代码,它会为 atac_seq 和 rna_seq 接入号之间的所有可能组合生成它;我想按顺序生成它,这意味着 atac 接入号列表中的第一个 SRR 对应于 rna 接入号列表中 SRR 中的第一个元素;有没有可能做到这一点?

  • 这是文档相关部分的链接,其中提到了这一点:snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/…

  • 您可以按照 Swifty 的建议将其作为 for 循环来执行。或者如果您想保留扩展函数:

    expand("{atac_srr}_{rna_srr}_libraries.csv",zip, atac_srr=atac_SRRs, rna_srr=rna_SRRs)
    
  • 您是否在 IDEA 中配置了 SDK,以便它知道您将 Coretto 放在哪里?

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