jetson 通过 HDMI 端口很好地连接到屏幕,在启动时我们会看到显示的线条。但是一旦启动 jetson,屏幕就会变黑,我既无法访问终端,也无法...
jetson 通过 HDMI 端口很好地连接到屏幕,在启动时我们会看到显示的线条。但是一旦启动 jetson, 屏幕就会变黑 ,我既无法访问终端,也无法访问一开始的图形界面。
感谢我在出现此问题之前配置的 wifi, 我可以通过 ssh 连接到 jetson .
我尝试重新安装 unbuntu,但没有任何改变,如果您对如何解决此问题有任何想法。
终端 或 图形界面 访问 jetson (我检查了日志,jetson 检测到键盘、鼠标和屏幕)
因为我希望以后能够更改网络,并且了解新的 IP 地址对我的项目来说很重要。
规则全部:输入:展开(\'tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R1_001.fastq.gz\',id =IDs,srr = df[df['library_type']=='Chromatin Accessibility']['Library']),展开(\'
rule all:
input:
expand("tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R1_001.fastq.gz", id =IDs, srr = df[df['library_type']=='Chromatin Accessibility']['Library']),
expand("tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R2_001.fastq.gz", id =IDs, srr = df[df['library_type']=='Chromatin Accessibility']['Library']),
expand("tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R3_001.fastq.gz", id =IDs, srr = df[df['library_type']=='Chromatin Accessibility']['Library'])
rule rename_atac_files:
input:
"tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_1.fastq.gz",
"tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_2.fastq.gz",
"tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_3.fastq.gz"
output:
"tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R1_001.fastq.gz",
"tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R2_001.fastq.gz",
"tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R3_001.fastq.gz"
shell:
"""
mv tissues/{wildcards.id}/atac_seq/{wildcards.srr}/{wildcards.srr}_1.fastq.gz tissues/{wildcards.id}/atac_seq/{wildcards.srr}/{wildcards.srr}_S1_L001_R1_001.fastq.gz
mv tissues/{wildcards.id}/atac_seq/{wildcards.srr}/{wildcards.srr}_2.fastq.gz tissues/{wildcards.id}/atac_seq/{wildcards.srr}/{wildcards.srr}_S1_L001_R2_001.fastq.gz
mv tissues/{wildcards.id}/atac_seq/{wildcards.srr}/{wildcards.srr}_3.fastq.gz tissues/{wildcards.id}/atac_seq/{wildcards.srr}/{wildcards.srr}_S1_L001_R3_001.fastq.gz
"""
Error:Missing input files for rule rename_atac_files:
我想重命名相应文件夹中的所有文件,使其符合 cellranger 所需的格式。问题是,我在输入和输出路径中有多个变量(即 \'id\' 和 \'srr\')。因此,当我执行脚本时,我收到错误,因为某些作业会查找 \'tissues/A/atac_seq/SRR123/SRR123_1.fastq.gz\',而它仅存在于 id \'B\' 中: \'tissues/B/atac_seq/SRR123/SRR123_1.fastq.gz\'。
我该如何解决这个问题,以便 snakemake 知道只执行存在的 {id} 和 {srr} 的作业?最好维护目录结构。