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jetson orin启动后黑屏

onlyoreoo 2月前

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jetson 通过 HDMI 端口很好地连接到屏幕,在启动时我们会看到显示的线条。但是一旦启动 jetson,屏幕就会变黑,我既无法访问终端,也无法...

jetson 通过 HDMI 端口很好地连接到屏幕,在启动时我们会看到显示的线条。但是一旦启动 jetson, 屏幕就会变黑 ,我既无法访问终端,也无法访问一开始的图形界面。

感谢我在出现此问题之前配置的 wifi, 我可以通过 ssh 连接到 jetson .

我尝试重新安装 unbuntu,但没有任何改变,如果您对如何解决此问题有任何想法。

终端图形界面 访问 jetson (我检查了日志,jetson 检测到键盘、鼠标和屏幕)

因为我希望以后能够更改网络,并且了解新的 IP 地址对我的项目来说很重要。

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  • 一些代码取自:Snakemake - 如何使用文件的每一行作为输入?def read_tissues_output():with open('accessions.txt') as f: samples = [sample for sample in f.read().spl...

    一些代码取自: Snakemake - 如何使用文件的每一行作为输入?

    def read_tissues_output():
        with open('accessions.txt') as f:
            samples = [sample for sample in f.read().split('\n') if len(sample) > 0]  # we dont want empty lines
            return expand("{sample}.txt", sample=samples)
    
    
    rule all:
        input:
            read_tissues_output()
             
             
    rule create_directory:
        output:
            "{n}/{n}.txt"
        shell:
            """
            echo this is a {wildcards.n} > {output}
            """
    
    
    
    

    accessions.txt 是一个每行有不同的访问号的 txt 文件。我想生成一个与正在生成的文本文件同名的新目录,并将生成的文本文件移动到该目录中。

    当输出为 output:\'{n}.txt\' 时,每个文本文件都生成在 Snakefile 的同一目录中,这很好。但是当我按照上述操作时,预期的结果是将不同接入号的 .txt 文件移动到一个以其自己名称命名的文件夹中,但我收到一条错误消息:

    \'规则全部缺少输入文件:受影响的文件:SRRXXXXX.txt\'

    不确定为什么会这样。

  • 您需要修改您的 read_tissues_output() 函数,特别是将其作为返回值:

    return expand("{sample}/{sample}.txt", sample=samples)
    

    Snakemake 通过将输出文件名与输入文件名进行匹配来构建规则链,因此一般来说,如果您想更改任何规则的输出,您还需要更改链接到该输出的规则(或规则)的输入。在这种情况下, 所有 规则都会从您的函数中获取其输入列表,因此函数需要更改。

  • 昨天我在用Anaconda在Linux服务器上安装tensorflow的时候,发现无法更新、安装、卸载软件包,也无法创建新的conda环境,全部返回了错误...

    昨天我在使用 Anaconda 在 Linux 服务器上安装 tensorflow 时,发现无法更新、安装、卸载软件包,也无法创建新的 conda 环境,在收集软件包元数据时都返回了同样的错误:

    (base) user@servername:~$ conda update conda
    Channels:
     - defaults
    Platform: linux-64
    Collecting package metadata (repodata.json): \ Retrying (Retry(total=2, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError(SSLCertVerificationError(1, '[SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: EE certificate key too weak (_ssl.c:1006)'))': /pkgs/r/noarch/repodata.json
    
    failed
    
    CondaSSLError: Encountered an SSL error. Most likely a certificate verification issue.
    
    Exception: HTTPSConnectionPool(host='repo.anaconda.com', port=443): Max retries exceeded with url: /pkgs/main/linux-64/repodata.json (Caused by SSLError(SSLCertVerificationError(1, '[SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: EE certificate key too weak (_ssl.c:1006)')))
    
    

    仅供参考,我是该服务器的临时用户,无法使用 sudo。我无法使用 pip,因为它也需要 sudo 才能安装。我使用的是 Anaconda 24.1.2 和 ubuntu 20.04.3。昨天之前一切正常。以下是我尝试解决问题的一些方法:

    1. 我使用和未使用 VPN(绕过互联网审查的 VPN)连接到了服务器,但没有显示出任何区别。
    2. 我删除并安装了 Anaconda 几次,但没有起作用。
    3. 切换到清华镜像仓库,还是没啥区别。我的.condarc 文件如下。既然没啥区别,我就改回默认仓库了。
    channels:
    - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/linux-64
    - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64
    show_channel_urls: true
    
    
    1. 我根据 KWA 但错误仍然一样。
    2. 然后我尝试通过 来设置 ssl_verify 为 false conda config --set ssl_verify False ,错误信息被修改为 UnicodeDecoderError ,详细错误报告如下。
    (base) user@servername:~$ conda update conda
    Channels:
     - defaults
    Platform: linux-64
    Collecting package metadata (repodata.json): failed
    
    # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> ERROR REPORT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
    
        Traceback (most recent call last):
          File "/home/user/anaconda3/lib/python3.11/site-packages/conda/exception_handler.py", line 17, in __call__
            return func(*args, **kwargs)
                   ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
    ...
    ...
    
                       ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
          File "/home/user/anaconda3/lib/python3.11/site-packages/conda/gateways/repodata/__init__.py", line 858, in fetch_latest
            raw_repodata = self.cache_path_json.read_text()
                           ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
          File "/home/user/anaconda3/lib/python3.11/pathlib.py", line 1059, in read_text
            return f.read()
                   ^^^^^^^^
          File "<frozen codecs>", line 322, in decode
        UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xc9 in position 465: invalid continuation byte
    
    
    1. 我尝试通过以下方式清理缓存 conda clean --all
    2. 我通过以下方式指定了编码方法 export PYTHONIOENCODING=utf-8
    3. 以上两种方法都没有改变错误报告。然后,我到达文件/home/user/anaconda3/lib/python3.11/pathlib.py,并将原始文件中的解码方法从
       def read_text(self, encoding=None, errors=None):
            """
            Open the file in text mode, read it, and close the file.
            """
            encoding = io.text_encoding(encoding)
            with self.open(mode='r', encoding=encoding, errors=errors) as f:
                return f.read()
    
    

    至(也尝试过“latin-1”)

        def read_text(self, encoding="gbk", errors=None):
            """
            Open the file in text mode, read it, and close the file.
            """
            encoding = io.text_encoding(encoding)
            with self.open(mode='r', encoding=encoding, errors=errors) as f:
                return f.read()
    
    

    它返回错误

    (base) user@servername:~$ conda update conda
    Channels:
     - defaults
    Platform: linux-64
    Collecting package metadata (repodata.json): failed
    
    # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> ERROR REPORT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
    
        Traceback (most recent call last):
          File "/home/user/anaconda3/lib/python3.11/site-packages/conda/exception_handler.py", line 17, in __call__
            return func(*args, **kwargs)
                   ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
    ...
    ...
          File "/home/user/anaconda3/lib/python3.11/site-packages/conda_libmamba_solver/index.py", line 337, in _load_channels
            info = self._json_path_to_repo_info(url, jsons[url])
                   ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
          File "/home/user/anaconda3/lib/python3.11/site-packages/conda_libmamba_solver/index.py", line 293, in _json_path_to_repo_info
            repo = api.Repo(self._pool, noauth_url, str(path_to_use), escape_channel_url(noauth_url))
                   ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
        RuntimeError: Unable to read repodata JSON file 'https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64', error was: repository does not start with an object
    
    

    还有其他方法可以让我的 conda 安装软件包并创建虚拟环境吗?任何见解都将不胜感激。非常感谢!

    正如我之前所说,我想像往常一样使用我的 conda 来安装和卸载软件包并创建虚拟环境。

  • 嘿,非常感谢,还有一个问题 - \'rule all\' 的输入是整个 Snakefile 的第一个输入吗?或者有某种优先级?谢谢

  • Snakemake 总是试图生成一个或多个输出文件。它将组合它找到的任何链或规则来生成这些文件。如果您未在命令行上指定任何输出文件,则 Snakemake 将使用第一条规则的输出作为目标。或者,如果规则只有输入(如这里),它将使用输入作为目标。但除了这种特定情况之外,规则没有优先级(除非您明确设置规则优先级,但如果您可以使用更具体的文件名来避免这种情况)。

  • rene 2月前 0 只看Ta
    引用 7

    规则全部:输入:展开(\'tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R1_001.fastq.gz\',id =IDs,srr = df[df['library_type']=='Chromatin Accessibility']['Library']),展开(\'

    rule all:
      input:
          expand("tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R1_001.fastq.gz", id =IDs, srr = df[df['library_type']=='Chromatin Accessibility']['Library']),
          expand("tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R2_001.fastq.gz", id =IDs, srr = df[df['library_type']=='Chromatin Accessibility']['Library']),
          expand("tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R3_001.fastq.gz", id =IDs, srr = df[df['library_type']=='Chromatin Accessibility']['Library'])
    
    rule rename_atac_files:
        input:
          "tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_1.fastq.gz",
          "tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_2.fastq.gz",
          "tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_3.fastq.gz"
        output:
          "tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R1_001.fastq.gz",
          "tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R2_001.fastq.gz",
          "tissues/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R3_001.fastq.gz"
        shell:
          """
          mv tissues/{wildcards.id}/atac_seq/{wildcards.srr}/{wildcards.srr}_1.fastq.gz tissues/{wildcards.id}/atac_seq/{wildcards.srr}/{wildcards.srr}_S1_L001_R1_001.fastq.gz
          mv tissues/{wildcards.id}/atac_seq/{wildcards.srr}/{wildcards.srr}_2.fastq.gz tissues/{wildcards.id}/atac_seq/{wildcards.srr}/{wildcards.srr}_S1_L001_R2_001.fastq.gz
          mv tissues/{wildcards.id}/atac_seq/{wildcards.srr}/{wildcards.srr}_3.fastq.gz tissues/{wildcards.id}/atac_seq/{wildcards.srr}/{wildcards.srr}_S1_L001_R3_001.fastq.gz
          """
    
    Error:Missing input files for rule rename_atac_files:
    
    
         
    

    我想重命名相应文件夹中的所有文件,使其符合 cellranger 所需的格式。问题是,我在输入和输出路径中有多个变量(即 \'id\' 和 \'srr\')。因此,当我执行脚本时,我收到错误,因为某些作业会查找 \'tissues/A/atac_seq/SRR123/SRR123_1.fastq.gz\',而它仅存在于 id \'B\' 中: \'tissues/B/atac_seq/SRR123/SRR123_1.fastq.gz\'。

    我该如何解决这个问题,以便 snakemake 知道只执行存在的 {id} 和 {srr} 的作业?最好维护目录结构。

  • Snakemake 不太擅长重命名输入文件。我建议先在 Snakemake 之外使用常规 shell 脚本修复文件名,然后再运行 Snakemake 管道。

    如果你有可用的'prename'命令( apt install rename 在Debian / Ubuntu中),这可以是一行,类似于:

    $ prename -n -v 's/_(.).fastq.gz/_S1_L001_R\1_001.fastq.gz/' tissues/*/atac_seq/*/*_?.fastq.gz
    

    在您的示例中,您有三个读取,并且您想将它们重命名为 R1 , R2 、 和 R3 。这对我来说看起来有点奇怪。其中一个不是索引读取吗?也就是说,它应该是 读取 I1

  • 嘿,Tim,谢谢你回复我。在某些情况下,scATAC-seq 实验没有提供索引文件;需要的是 R1、R3 和 R2(细胞条形码)。

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